生态文明应遵循“社会效益、经济效益与环境效益共赢”的基本准则。因此，在确保工程质量的前提下，降低建设工程成本，乃是码头工程管理需深入探索实践的新课题。
1、技术选择
码头工程同地面建设工程有很大的区别，一些在水下建设的工程，对施工技术要求非常高，施工技术选择直接关系到工程质量。如果控制不到位都会产生偏差，影响到工程的质量和使用年限，因此码头建设工程如何选择施工技术成为项目管理首要考虑的问题。
2、工程材料管理
一是码头建设工程临水建设，露天施工，施工环境比较潮湿，而有些材料可能因为环境问题而损坏，额外增加工程成本。二是工程材料采购环节的质量把关问题和进场安排无序都会影响到工程的质量和进度;如材料进场前质量把关不严，使不符合质量要求的材料进场，易造成对工程质量潜在威胁;进场缺乏统筹安排，没有参照工程进度表，出现供应脱节或者过早提前到位增加仓库成本。
3、现场管理
码头建设工程有水下和水上的施工，而复杂的多工种交叉施工、多项施工技术综合应用、各工序衔接等，就增加了工程管理的难度。分析施工现场，新工艺和新技术的运用，施工技术人员尤其是水下施工人员的综合素质达不到工程施工要求，影响工程质量;3.安全意识不到位，造成施工现场安全隐患频多，严重的危及到施工人员的人身安全，工程协调的难度较大等。
4、施工设备
码头建设工程的施工不同于陆地工程项目，使用的机械设备多、价格比较昂贵，按照施工要求须配置专用施工机械设备，例如挖掘机械、打桩机、水上、水下的钻孔灌注桩机等大型机械设备，另外机械施工的时间又受到水位潮汐的限制，同时机械设备在使用过程的维护和保养的问题，导致工程项目可能因为施工设备而延缓工程进度，且增加赶工期的成本支出。
1、工程管理同管理体制的特点冲突
工程项目管理的目的就是使工程的进度快、质量高、成本低和安全好，这就需要对工程项目进行控制管理，项目法人制度能够规范工程项目管理。有些工程项目还存在挂靠，根本不能够满足现代工程项目管理的要求，使得工程项目管理同管理体制的特点冲突，影响工程项目管理的质量。
2、依法管理存在问题
依法管理是工程项目管理实施的基础。对于建设工程项目管理，国家曾相继出台过《建筑法》、《招标投标法》、《建设工程质量管理条例》、《建设工程勘察设计管理条例》等法律法规。因此，工程项目管理已基本有法可依，但是，在管理过程中却存在执法不严、有法不依和违法不究等现象，这些都是导致工程项目管理出现问题的不良源头。
3、工程管理的权责利出现脱节情况
码头工程建设过程中，仍旧存在“大锅饭”形式，没有区分工程施工技术差异，基本上都是由现场施工人员负责全部施工项目，使得工程项目管理存在责权利脱节、有责无权、责利不匹配，并没有形成统一的权责利运作机制，出现问题之后也是很难追究到人，这也是造成工程项目管理存在问题的深层次原因之一。
回顾总结此项码头工程管理，企业应以科学发展观的理念来审视和解析存在的问题，思考良策，以指导未来。
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1、运营风险高
企业通过本系统能实现流程化、标准化，减少人为因素对各环节的影响;围绕项目合同、资金、发票、物流信息一致，规避税务风险。
2、成本控制难
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3、施工管理低效
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4、缺乏数据沉淀
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3、清晰掌握项目的现金流情况，保证现金流为正;对垫资风险、现金流回正周期超前有预警，能够严格把控项目分部分项的人机材费预算执行过程;
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